滁州学院升本以来，高度重视和切实加强科研工作。2005年，学校在构建本科框架之初就单独设立了科研处；2006、2007年，在开展“本科教学工作规范年”活动中，将科研工作作为一项重要内容纳入其中，强化措施，狠抓落实；2008年，确定为“科研工作推进年”，强力推进科研工作，努力提升教师科研水平和科技服务能力。
建立激励机制，促进科研创新。近几年来，该校相继制定、完善了《滁州学院科研项目管理办法》、《滁州学院横向项目管理办法》、《滁州学院科研经费管理办法》《滁州学院科研项目申报和立项奖励的暂行办法》《滁州学院系部科技工作年度考核办法》等科研管理规章制度，加强了对系（部）科技工作业绩的考核，有效引导系（部）科技工作的创新和发展，实施厅级以上项目经费配套和立项奖励的政策，促进教师从事科研和科技创新。
积极组织项目申报，科研质量逐年提高。他们采取政策引导、邀请校外专家指导、校内专题论证等方法，积极组织各类项目申报工作。四年来，全校共承担厅级以上项目89项，其中省部级科研项目4项。发表学术论文1061篇，其中在国家级以上期刊上发表226篇，独著、合著、主编、参编专著（教材）44部。美术系赵振华副教授创作的油画《战胜“非典”》入选文化部、财政部联合举办的“国家重大历史题材美术创作工程”。
加强科研机构管理，注重学术团队建设。他们出台了《滁州学院科研机构建设管理办法》和《滁州学院重点学科建设与管理暂行办法》，努力培育科研群体，创建有利于团队建设的良好环境。经省编办批准，设立了地理信息技术研究所、化工技术研究所。首批校级科研机构数学研究所、功能材料研究所、生物技术研究所已经取得较好研究成果。与滁州市联合成立了“欧阳修研究中心”。与滁州市水产研究所合作承担的安徽省科技厅科技攻关项目“斑叉尾鱼养殖的生态环境研究”，取得了积极进展。与安徽省林业厅、安徽省国土资源信息中心、浙江大学建筑工程学院、滁州、宣城、蚌埠、全椒、岳西、宁国、来安等企事业单位合作12个横向课题。他们以科研机构为平台，通过课题申报、项目合作等，加强了学术团队建设，促进了产学研合作，加大了服务地方经济文化建设的力度。
加强学术交流，浓厚科研氛围。四年来，该校承办了全国教师教育学会学术年会、欧阳修千年诞辰学术文化论坛、华东六省数学研究会年会等国家级学术交流会议，邀请国内外重点大学和科研机构知名教授、学者来校讲学200余场（次），鼓励支持教师参加国内外学术活动等，科研水平和教学水平明显提升，学校的学术氛围渐趋浓厚。
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